Revisión del intervalo de referencia del recuento plaquetario: ¿son adecuados los valores que estamos utilizando? / Review of the platelet count reference range: are the values we are using appropriate?

Los intervalos de referencia (IR) dependen de la población y de las características metrológicas del procedimiento de medida utilizado. A pesar de las recomendaciones internacionales, son pocos los laboratorios que establecen sus propios IR para cada magnitud por la dificultad para conseguir voluntarios de referencia y el elevado costo económico asociado. La International Federation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (IFCC) acepta la adopción de IR bibliográficos o su cálculo por métodos indirectos dado su bajo costo y fácil obtención. Existen varias fuentes confiables de IR bibliográficos para el hemograma. No obstante, para el recuento plaquetario, es una práctica común de los laboratorios emplear el rango de valores de 150-450.109 /L independiente de la metodología utilizada y grupo etario. El objetivo de este trabajo fue revisar los IR bibliográficos disponibles para el recuento plaquetario y estimarlo empleando el método indirecto de Hoffmann a partir de nuestra población. Los métodos indirectos se basan en aplicar criterios de exclusión y cálculos matemáticos sobre los resultados de una base de datos de laboratorio. Nuestros IR para el recuento plaquetario se comparan con los bibliográficos, que han sido establecidos por técnicas de muestreo directo. Por este motivo y dado que no existen estudios poblacionales que lo avalen, sería apropiado reemplazar el rango de 150-450.109 / L. Estos límites podrían seguir empleándose como puntos de corte o niveles de decisión médica para definir, según la clínica y otros resultados de laboratorio, los pacientes que ameritan un seguimiento posterior (AU)

Reference ranges (RR) depend on the population and the metrological characteristics of the measurement procedure used. Despite international recommendations, few laboratories establish their own RRs for each magnitude because of the difficulty in obtaining reference volunteers and the associated high economic cost. The International Federation of Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (IFCC) accepts the use of literaturebased RRs or RRs calculated by indirect methods because of their low cost and easy collection. There are several reliable sources of literature-based RRs for the Cell Blood Count. However, for platelet count, it is common laboratory practice to use the range of 150-450,109 /L regardless of the methodology used and age group. The aim of this study was to review the available literature regarding RRs for platelet count and to establish it using the indirect Hoffmann method in our population. Indirect methods are based on applying exclusion criteria and mathematical calculations on the results of a laboratory database. Our RRs for platelet counts are compared with those in the literature, which have been established by direct sampling techniques. Therefore, and given that there are no population studies to support these findings, it would be appropriate to replace the 150-450,109 /L range. These limits may continue to be used as cut-off points or medical decision levels to define, according to clinical manifestations and other laboratory results, patients who warrant further follow-up (AU)

El valor de estar acreditados / The value of accreditation

Los laboratorios clínicos desempeñan un papel cada vez más central en el proceso de atención siendo líderes en el campo de la gestión de la calidad de la salud. Desde hace algunos años hay un creciente interés en la mejora de la calidad de aquellas actividades que tienen un alto impacto en la seguridad del paciente. En este contexto la acreditación constituye un recurso estratégico para garantizar un sistema de calidad. En el año 2020 el laboratorio obtiene la acreditación por norma IRAM ISO 15189, siendo el segundo laboratorio público acreditado por un estándar internacional en el país y el primero de un Hospital Pediátrico. Con un alcance inicial que involucra a las áreas de Química, Hematología, Serología, Endocrinología y Biología Molecular, continuamos trabajando para sostener y ampliar este alcance incluyendo entre otras, el área de Microbiología. Nuestra fortaleza más grande: el trabajo en equipo (AU)

Clinical laboratories play an increasingly central role in the care process and are leaders in the field of healthcare quality management. For some years now there has been a growing interest in improving the quality of those activities that have a high impact on patient safety. In this context, accreditation is a strategic resource to warrant the quality of the system. In 2020 the laboratory was granted accreditation by IRAM ISO 15189, being the second public laboratory accredited by an international standard in the country and the first in a pediatric hospital. With an initial coverage involving the areas of Chemistry, Hematology, Serology, Endocrinology, and Molecular Biology, we continue working to sustain and expand this coverage to include, among others, the area of Microbiology. Our greatest strength: teamwork (AU)

Gestión de calidad en equipos de gases en sangre POCT. Expandiendo las fronteras del laboratorio / Quality management in POCT blood gas equipment. Expanding the frontiers of the laboratory

La realización de pruebas de laboratorio en el lugar de atención del paciente (POCT) de equipos de gases en sangre representa un desafío continuo tanto para los usuarios como para el laboratorio. La vulnerabilidad al error y la amenaza del riesgo que rodea esta forma de trabajo obliga a establecer un sistema de trabajo robusto para la obtención de un "resultado confiable" cerca del paciente crítico. La formación de un grupo interdisciplinario, la capacitación de usuarios externos al laboratorio, el aseguramiento de la calidad analítica y la conectividad, son los cuatro pilares sobre los cuales se sostiene el éxito de esta nueva era de laboratorio clínico. Además es necesaria la reinvención de la imagen bioquímica, asumiendo un rol de líder, comunicador, asesor e integrado al sistema de salud (AU)

Point of care laboratory testing (POCT) with blood gas equipment is an ongoing challenge for both the users and the laboratory. The vulnerability to error and the threat of risk that surrounds this way of working necessitates the establishment of a robust working system to obtain "reliable results" for the critically ill patient. The creation of an interdisciplinary group, the training of external users, analytical quality assurance, and connectivity are the four pillars on which the success of this new era of clinical laboratories is based. It is also necessary to reinvent the biochemical image, assuming the role of leader, communicator, and advisor integrated into the health system (AU)

Uso de PCR digital para definir terapéuticas específicas y seguimiento en enfermedades autoinflamatorias / Use of digital PCR to define specific therapeutics and follow-up in autoinflammatory diseases

Las enfermedades autoinflamatorias (AIDs) son un grupo heterogéneo de desórdenes monogénicos o poligénicos, con características de disregulación inmune innata y/o adaptativa, cuyo mecanismo central es la autoinflamación pero también pueden presentarse con autoinmunidad e inmunodeficiencia. En estos últimos años el desarrollo de las tecnologías de secuenciación masiva han provocado una explosión en el descubrimiento de nuevos genes responsables de AIDs monogénicas. Esto remarca la importancia de implementar este tipo de estudios para llegar a un diagnóstico definitivo sobre todo en este grupo de patologías genéticamente muy diversas donde los fenotipos clínicos se solapan. Sin embargo, dada la presencia de variantes de significación incierta (VUS), los resultados pueden no ser concluyentes planteándose la necesidad de desarrollar pruebas funcionales para determinar la patogenicidad de dichas variantes genéticas. En nuestro grupo de trabajo estamos aplicando la PCR digital en gotas (ddPCR), una técnica cuantitativa de 3era generación altamente sensible, especifica y reproducible que no necesita de curvas de calibración, para desarrollar pruebas funcionales que permitan no sólo reclasificar variantes VUS para lograr diagnósticos definitivos sino también estudiar los mecanismos responsables de las principales AIDs que permitan una estratificación de las terapéuticas especificas a aplicar y de esta manera poder contribuir al diagnóstico, tratamiento y seguimiento de nuestros pacientes en forma personalizada. (AU)

Autoinflammatory diseases (AIDs) are a heterogeneous group of monogenic or polygenic disorders, with characteristics of inborn and/or adaptive immune dysregulation, whose central mechanism is autoinflammation but may also present with autoimmunity and immunodeficiency. In recent years the development of massive sequencing technologies has led to an exponential increase in the discovery of new genes responsible for monogenic AIDs. This emphasizes the importance of the implementation of this type of studies to make a definitive diagnosis, especially in this group of genetically very diverse diseases with overlapping clinical phenotypes. However, given the presence of variants of uncertain significance (VUS), the results may not be conclusive, raising the need to develop functional tests to determine the pathogenicity of these genetic variants. In our working group we are applying droplet digital PCR (ddPCR), a highly sensitive, specific and reproducible third generation quantitative technique that does not require calibration curves, to develop functional tests that allow not only to reclassify VUS variants to achieve definitive diagnoses but also to study the mechanisms responsible for the main AIDs that allow for the stratification of specific treatments to be used and thereby contribute to the individualized diagnosis, treatment, and follow-up of our patients (AU)

Adaptarnos para sobrevivir. Requerimientos de un nuevo paradigma / Adapting to survive. Requirements for a new paradigm

A lo largo de la historia, el rol del bioquímico en el laboratorio clínico ha ido mutando, adaptándose a nuevos paradigmas, consecuencia del avance de la tecnología1 y la informática, de la presión externa ejercida por las empresas proveedoras de reactivos que reducen el tiempo útil de los equipos, aumentando su tasa de recambio, de una medicina más compleja que impone nuevos desafíos diagnósticos y de los cambios sociales que se ven reflejados en una alteración en el orden de los valores adoptado por las nuevas generaciones de profesionales que conviven con otras, provocando "turbulencia generacional" en los lugares de trabajo. Los laboratorios necesitan hoy someterse a una reingeniería de sus procesos, descartar aquellos que no agreguen valor, que causan fugas innecesarias de insumos, personas y tiempo e intervenir la cultura organizacional de manera integral, para adaptarse a las exigencias que la actualidad requiere, donde la calidad, la seguridad y la sostenibilidad son los principales protagonistas )AU)

Over time, the role of the biochemist in the clinical laboratory has been changing, adapting to new paradigms, as a consequence of the advance of technology and informatics, of the external pressure exerted by the companies supplying reagents that reduce the useful time of the equipment, increasing its replacement rate, of a more complex medicine that imposes new diagnostic challenges, and of social changes that are reflected in an alteration in the values adopted by the new generations of professionals who coexist with others, causing "generational turbulence" in the workplace. Laboratories today need to reengineer their processes, eliminate those that do not add value, that cause unnecessary waste of supplies, people and time, and intervene in the organizational culture in a comprehensive manner, in order to adapt to the demands of today's world, where quality, safety, and sustainability are the main drivers (AU)

Implementación asistencial de estudios genómicos aplicados al diagnóstico molecular / Implementation of genomic studies applied to molecular diagnostics

El Hospital Garrahan ha sido pionero en el diagnóstico molecular de patologías pediátricas en Argentina. Los avances tecnológicos de las últimas décadas en el área de la biología molecular, sentaron las bases para la optimización y ampliación del diagnóstico molecular a partir de la secuenciación masiva en paralelo de múltiples genes. El presente trabajo describe el proceso de implementación de los estudios de secuenciación de nueva generación y el desarrollo de la Unidad de Genómica en un hospital público pediátrico de alta complejidad, así como su impacto en las capacidades diagnósticas de enfermedades poco frecuentes de origen genético. La creación del Grupo Interdisciplinario de Estudios Genómicos constituyó la vía institucional para la toma de decisiones que implican la implementación de nuevos estudios genómicos y el establecimiento de prioridades diagnósticas, extendiendo la disponibilidad del diagnóstico molecular a más disciplinas. La Unidad de Genómica trabaja en diseñar las estrategias que permitan la mayor optimización de los recursos con los que cuenta el hospital, teniendo en cuenta el equipamiento disponible, las prioridades establecidas y la frecuencia de las distintas patologías. Se demuestra el salto significativo operado en nuestras capacidades diagnósticas, tanto en la variedad de enfermedades como en el número de genes analizados, habiendo estudiado a la fecha alrededor de 2.000 pacientes, muchos de los cuales ven de este modo finalizada su odisea diagnóstica. Los estudios de NGS se han convertido en una herramienta de la práctica diaria para la atención de un número importante de pacientes de nuestro hospital. Continuaremos trabajando para ampliar su aplicación a la mayor cantidad de patologías, a través de los mecanismos institucionales ya existentes (AU)

The Garrahan Hospital has been a pioneer in the molecular diagnosis of pediatric diseases in Argentina. The technological advances of the last decades in the area of molecular biology have laid the foundations for the optimization and expansion of molecular diagnostics through massive parallel sequencing of multiple genes. This study describes the process of implementation of next-generation sequencing studies and the development of the Genomics Unit in a public pediatric tertiary hospital, and its impact on the capacity to diagnose rare diseases of genetic origin. The creation of the Interdisciplinary Group of Genomic Studies constituted the institutional pathway for decision-making involving the implementation of new genomic studies and the establishment of diagnostic priorities, extending the availability of molecular diagnostics to additional disciplines. The Genomics Unit is working to design strategies that allow for optimization of the resources available to the hospital, taking into account the equipment available, the priorities established, and the frequency of the different diseases. It demonstrates the significant leap in our diagnostic capabilities, both in the variety of diseases and in the number of genes analyzed. To date, around 2,000 patients have been studies, many of whom have thus completed their diagnostic odyssey. NGS studies have become a tool in daily practice for the care of a significant number of patients in our hospital. We will continue working to expand its application to as many diseases as possible, through the existing institutional mechanisms (AU)

Una experiencia de siete años en el laboratorio de Micología del Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan / A seven-year experience in the Mycology Laboratory of Hospital de Pediatría Juan P. Garrahan

En noviembre del año 2015 nos incorporamos al Laboratorio de Micología del Servicio de Microbiología del Hospital Garrahan. En este breve resumen queremos compartir los avances logrados a través de nuestra experiencia durante siete años de trabajo profesional. Debido a los diagnósticos realizados y su complejidad, consideramos que el Hospital Garrahan, sus pacientes y la comunidad toda necesitan contar con un laboratorio de Micología que responda a sus necesidades. Creemos haber iniciado un camino que esperamos continúe y culmine con la creación de la Unidad de Micología (AU)

In November 2015 we joined the Mycology Laboratory of the Microbiology Service of the Hospital Garrahan. In this brief summary we want to share the advances achieved through our experience during seven years of professional work. Due to the diagnosis made and their complexity, we believe that the Hospital Garrahan, its patients and the entire community, need to have a Mycology laboratory that responds to their requirements. We believe we have started a path that we hope will continue and culminate with the creation of the Mycology Unit (AU)

El rol del laboratorio de virología en la pandemia de COVID-19: diagnóstico de SARS-CoV-2 / The role of the virology laboratory in the COVID-19 pandemic: Diagnosis of SARS-CoV-2

Desde el inicio de la pandemia de COVID-19, el Laboratorio de Virología del Hospital Garrahan, implementó el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 mediante RT-PCR para dar respuesta rápida y de calidad a la creciente demanda. Al diagnóstico pediátrico se sumó el diagnóstico de los padres / acompañantes y personal de salud con criterio de caso sospechoso. Al inicio del 2021 se incorporó el test rápido de detección de antígeno para pacientes sintomáticos. Hasta junio de 2021 se procesó un total de 58 000 muestras para estudios moleculares. (AU)

Since the beginning of the COVID-19 pandemic, the Virology Laboratory of Garrahan Hospital has implemented molecular diagnosis of SARS-CoV-2 using RT-PCR in order to provide a rapid and high-quality response to the growing demand. In addition to the pediatric diagnosis, the diagnosis of parents/companions and healthcare personnel meeting the criteria of a suspected case was also added. At the beginning of 2021, the rapid antigen detection test for symptomatic patients was incorporated. Until June 2021, a total of 58,000 samples were analyzed by molecular studies. (AU)

Parte III. Apoyo del laboratorio de microbiología y anatomía patológica en el diagnóstico y manejo de infecciones en el paciente con cáncer y trasplante de precursores hematopoyéticos / Support of the laboratory of microbiology and pathological anatomy in the diagnosis and management of infections in cancer patients and transplantation of hematopoietic stem cell transplant receptors

Resumen El enfrentamiento del diagnóstico diferencial y etiológico de las enfermedades infecciosas de los pacientes con cáncer, incluyendo los receptores de trasplante de precursores hematopoyéticos (TPH), debe corresponder a una decisión informada, oportuna y que repercuta directamente en una conducta médica que determine una mejor sobrevida y calidad de vida de los pacientes. El objetivo de este trabajo fue aportar en el manejo de estos pacientes desarrollando una herramienta útil al médico clínico para tomar estas decisiones. Para ello se agruparon las infecciones por sistemas comprometidos diferenciando los posibles agentes etiológicos en bacterias, virus, hongos y parásitos, explicitando los exámenes diagnósticos más relevantes, mencionando la o las técnicas recomendadas, junto con el tipo de muestra óptima para su adecuado procesamiento. De manera adicional, se incorporó el ítem "nivel de requerimiento" para sugerir lo que, a juicio de los autores y la evidencia existente, debe estar presente obligatoriamente en el centro o puede ser derivable a otro laboratorio.

The confrontation of the differential and etiological diagnosis of the infectious diseases of cancer patients, including hematopoietic stem cells transplant (HSCT) recipients, must correspond to an informed, timely decision that directly affects medical behavior that determines a better survival and quality of life for patients. The main goal of this work was to contribute to the management of these patients developing a useful tool for the clinician to make these decisions. For that, infections were grouped by compromised systems, differentiating the possible etiological agents in bacteria, viruses, fungi and parasites, highlighting the relevant diagnostic tests, mentioning the recommended techniques together with the optimal sample type for proper processing. In addition, under each group of techniques we added the item "level of requirement" to suggest what, in the opinion of the authors and the existing evidence, must be mandatory to have at local level or can be derivable to another laboratory.

Performance Evaluation of the Beckman Coulter DxN VERIS Hepatitis B Virus (HBV) Assay in Comparison With the Abbott RealTime HBV Assay

The detection and quantification of hepatitis B virus (HBV) DNA plays an important role in diagnosing and monitoring HBV infection as well as in assessing the therapeutic response. We compared the analytical performance of a random access, fully automated HBV assay—DxN VERIS Molecular Diagnostics System (Beckman Coulter, Brea, CA, USA)—with that of Abbott RealTime HBV assay (Abbott Laboratories, Des Plaines, IL, USA). The between-day precision of the VERIS assay ranged from 0.92% (mean 4.68 log IU/mL) to 4.15% (mean 2.09 log IU/mL) for pooled sera from HBV patients. HBV DNA levels measured by the VERIS HBV assay correlated with the calculated HBV DNA levels (r²=0.9994; P < 0.0001). The lower limit of quantification was estimated as 8.76 IU/mL (Probit analysis, 95% confidence interval: 7.32–12.00 IU/mL). Passing-Bablok regression analysis showed good concordance between the VERIS and RealTime assays for 187 chronic HBV samples (y=−0.2397+0.9712x; r=0.981), as well as for 20 drug-resistant HBV genotype C positive samples (y=−0.5415+0.9954x; r=0.961). The VERIS assay demonstrated performance similar to the RealTime assay and is suitable for high-throughput HBV DNA monitoring in large hospital laboratories.

Costs of examinations performed in a hospital laboratory in Chile / Custos de exames em um laboratório clínico hospitalar no Chile / Costos de exámenes en un laboratorio clínico hospitalario de Chile

ABSTRACT Objective: To determine the total average costs related to laboratory examinations performed in a hospital laboratory in Chile. Method: Retrospective study with data from July 2014 to June 2015. 92 examinations classified in ten groups were selected according to the analysis methodology. The costs were estimated as the sum of direct and indirect laboratory costs and indirect institutional factors. Results: The average values obtained for the costs according to examination group (in USD) were: 1.79 (clinical chemistry), 10.21 (immunoassay techniques), 13.27 (coagulation), 26.06 (high-performance liquid chromatography), 21.2 (immunological), 3.85 (gases and electrolytes), 156.48 (cytogenetic), 1.38 (urine), 4.02 (automated hematological), 4.93 (manual hematological). Conclusion: The value, or service fee, returned to public institutions who perform laboratory services does not adequately reflect the true total average production costs of examinations.

RESUMO Objetivo: Determinar os custos médios totais associados à realização de exames laboratoriais em um laboratório clínico hospitalar no Chile. Método: Estudo retrospectivo com informações de julho de 2014 a junho de 2015. Foram selecionados 92 exames classificados em dez grupos de acordo com a metodologia de análise. Os custos foram estimados como a soma dos custos diretos e indiretos de laboratório e fatores institucionais indiretos. Resultados: Os valores médios dos custos foram obtidos de acordo com o grupo de exames (em dólares): 1,79 (química clínica), 10,21 (técnicas de imunoensaio), 13,27 (coagulação), 26,06 (cromatografia líquida de alta resolução), 21,2 (imunológicos), 3,85 (gases e eletrólitos), 156,48 (citogenéticos), 1,38 (urina), 4,02 (hematológicos automáticos), 4,93 (hematológicos manuais). Conclusão: O valor retornado às instituições públicas, ou taxas de serviço, que prestam serviços laboratoriais não refletem adequadamente os custos totais reais da produção de exames.

RESUMEN Objetivo: determinar los costos medios totales asociados a la realización de exámenes de laboratorio en un laboratorio clínico hospitalario de Chile. Método: estudio retrospectivo con información del período julio 2104 a junio 2015. Se seleccionaron 92 exámenes clasificados en diez grupos según la metodología de análisis. Los costos se estimaron como la suma de costos directos e indirectos de laboratorio y factores indirectos institucionales. Resultados: se obtuvieron los valores promedio para los costos según grupo de exámenes (en dólares): 1,79 (química clínica), 10,21 (técnicas de inmunoensayos), 13,27 (coagulación), 26,06 (cromatografía líquida de alta resolución), 21,2 (inmunológicos), 3,85 (gases y electrolitos), 156,48 (citogenéticos), 1,38 (orina), 4,02 (hematológicos automatizados), 4,93 (hematológicos manuales). Conclusión: el valor que retorna a las instituciones públicas, o arancel por servicio, que prestan servicios de laboratorio no refleja adecuadamente los verdaderos costos medios totales de producción de exámenes.

Removing Lipemia in Serum/Plasma Samples: A Multicenter Study

BACKGROUND: Lipemia, a significant source of analytical errors in clinical laboratory settings, should be removed prior to measuring biochemical parameters. We investigated whether lipemia in serum/plasma samples can be removed using a method that is easier and more practicable than ultracentrifugation, the current reference method. METHODS: Seven hospital laboratories in Spain participated in this study. We first compared the effectiveness of ultracentrifugation (108,200×g) and high-speed centrifugation (10,000×g for 15 minutes) in removing lipemia. Second, we compared high-speed centrifugation with two liquid-liquid extraction methods—LipoClear (StatSpin, Norwood, USA), and 1,1,2-trichlorotrifluoroethane (Merck, Darmstadt, Germany). We assessed 14 biochemical parameters: serum/plasma concentrations of sodium ion, potassium ion, chloride ion, glucose, total protein, albumin, creatinine, urea, alkaline phosphatase, gamma-glutamyl transferase, alanine aminotransferase, aspartate-aminotransferase, calcium, and bilirubin. We analyzed whether the differences between lipemia removal methods exceeded the limit for clinically significant interference (LCSI). RESULTS: When ultracentrifugation and high-speed centrifugation were compared, no parameter had a difference that exceeded the LCSI. When high-speed centrifugation was compared with the two liquid-liquid extraction methods, we found differences exceeding the LCSI in protein, calcium, and aspartate aminotransferase in the comparison with 1,1,2-trichlorotrifluoroethane, and in protein, albumin, and calcium in the comparison with LipoClear. Differences in other parameters did not exceed the LCSI. CONCLUSIONS: High-speed centrifugation (10,000×g for 15 minutes) can be used instead of ultracentrifugation to remove lipemia in serum/plasma samples. LipoClear and 1,1,2-trichlorotrifluoroethane are unsuitable as they interfere with the measurement of certain parameters.